La violence du groupe État Islamique et la poursuite du conflit syrien ont provoqué la fuite de la majorité des chrétiens dans plusieurs parties du pays. Toutefois, certains chrétiens restent pour aider la population.
Après sept années de guerre civile, l’organisation État Islamique a été affaiblie et une grande part du territoire occupé lui a été reprise. Les discours de haine antichrétienne sont fréquents, sauf dans les zones contrôlées par le gouvernement, où ils sont interdits. Cependant le régime syrien, soutenu par la Russie et l’Iran, impose des restrictions aux chrétiens, notamment évangéliques, soi-disant pour éviter l’instabilité. Ils peuvent être interrogés à tout moment.
Dans les zones sous contrôle des groupes islamiques, les églises ont été démolies ou utilisées comme centres islamiques. Il est absolument interdit de les restaurer pour en faire un lieu de culte chrétien. Toute manifestation publique de la foi chrétienne est également interdite.
Les chrétiens d’arrière-plan musulman sont confrontés au rejet familial très marqué chez les musulmans sunnites. Toutefois, il existe quelques communautés chrétiennes kurdes dans la partie Nord de la région d’Alep.
Pour tous les chrétiens de Syrie sans exception, les groupes de militants islamiques constituent une menace majeure, et leur situation est très fragile.
En Syrie, les chrétiens sont en général perçus comme pro-occidentaux. Les responsables d’églises sont visés par les enlèvements.
9 août 2017 - Sawsan Karapetyan et 6 membres de sa famille chrétienne syriaque-arménienne ont été exfiltrés de nuit à l’extérieur de Raqqa. Ils faisaient partie des très rares chrétiens restés dans la ville. « Nous étions humiliés et insultés, obligés de payer des taxes croissantes à Daech, dont les militants ont fait sauter toutes les églises de Raqqa », a rapporté cette femme de 45 ans.
10 avril 2016 - 21 chrétiens ont été tués à Al-Qaryatain par des combattants de l’organisation État Islamique.
24 janvier 2016 - 3 chrétiens (Bassa Jacob, Fawzi Azar et Morris Khajo) ont été tués et 7 autres ont été blessés lors de l’attaque d’un quartier chrétien aux abords de Hassaka par l’organisation État Islamique.